Les tortues serpentines vivent généralement dans des eaux calmes avec un fond de boue molle ou de sable et beaucoup de végétation. Elles préfèrent les eaux peu profondes afin de pouvoir se cacher sous la boue et les feuilles, avec seulement le nez exposé à la surface pour respirer. Les tortues serpentines profitent souvent de structures artificielles pour leurs sites de nidification, notamment les accotements de gravier le long des routes, les barrages et les gravières.
